Fakultas Pertanian yang berada di lingkungan Universitas PGRI Yogyakarta telah ada sejak zaman IKIP PGRI Yogyakarta dan diresmikan menjadi Universitas PGRI Yogyakarta pada tanggal 25 Juni 1997, sebagaimana tertuang dalam dokumen SK Pendirian Fakultas dan Program Studi. Salah satu Program Studi yang ada di Fakultas Pertanian adalah Program Studi Agroteknologi, yang diatur berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 180/Dikti/Kep/1997 tanggal 25 Juni 1997.
Pada tahun 2012, Program Studi Agroteknologi memperpanjang izin penyelenggaraannya melalui SK Nomer: 10932/D/T/K-V/2012. Program Studi Agroteknologi telah dua kali mengajukan akreditasi, dan terakhir mendapatkan peringkat akreditasi B berdasarkan keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) Nomer: 2483/SK/BAN-PT/Akred/S/VIII/2017 tanggal 1 Agustus 2017.
Akreditasi ini menunjukkan kualitas pendidikan yang diakui secara nasional. Saat ini Fakultas Pertanian memiliki 2 Program Studi, yakni Program Studi Agroteknologi dan Program Studi Teknologi Hasil Pertanian yang resmi mendapatkan ijin pada tahun 2019 dengan SK Ristekdikti Nomor 454/KPT/I/2019 yang diselenggarakan di kantor LLDIKTI Wilayah V Yogyakarta dan ditanda tangani oleh Rektor UPY.